南山别院是南山寺里最早的寺庙建筑，于1993年建成。也就是景区里其他所有寺庙建筑全是后期兴建，南山别院是南山寺起源，当地市民称之为“老庙”，虽然寺庙很小，但据说很灵，也是南山寺必拜的地方。