盐城市住房公积金管理中心设有多个内设机构，以确保高效运作和管理。以下是各部门的主要职责：

综合处作为中心的核心管理部门，负责协助领导处理日常事务，包括组织协调、文件起草修改等工作。他们负责信访接待、文秘、保密、车辆交通、安全保卫等后勤保障，以及人事管理和党群建设工作，确保队伍建设和公积金管理系统的有序进行。

财务处承担着财务管理重任，制定预算，负责会计核算、住房公积金统计和对各管理部的业务指导。他们确保资金的有效分配和会计信息的准确无误。

资金运用管理处主要负责公积金的归集、提取、贷款计划，以及呆账贷款的认定和清收工作。他们确保公积金法规的执行和规范性文件的起草，维护公积金市场的稳定。

归集管理处专注于市区公积金的催缴工作，办理缴存登记手续，确保资金及时入库。

监察室（稽核内审处）是监督部门，负责检查执行政策法规和内部审计，确保财务活动合规，对违规行为进行纠正，并接受外部审计组织的监督。

技术信息处则负责信息技术支持，包括网络系统维护、公积金业务系统更新、网站建设和办公自动化建设，提供高效的技术服务。

最后，业务部专攻市区住房公积金的核心业务，处理归集、提取、贷款事务，提供公积金查询和政策咨询服务。