黑骨茶和小叶紫檀是两种不同的植物，具有显著的区别。

1. 来源与命名：黑骨茶，又称黑檀，属于柿树科，其学名为Diospyros ebenum。而小叶紫檀，学名Pterocarpus santalinus，属于豆科紫檀属的一种植物。两者的命名体现了它们属于不同的植物科属，是根本上的区别。

2. 外观与用途：黑骨茶的心材呈现为漆黑色或黑褐色，具有极高的硬度，且材质细腻。其深沉的色泽和优良的材质特性使得黑骨茶常被用于制作高端家具、工艺品以及乐器等。小叶紫檀的心材则为紫红色或紫黑色，同样具有硬度高、材质细腻的特点。小叶紫檀在古代被赞誉为“帝王之木”，在文玩界有极高的地位，常被用于制作手串、佛珠等饰品，也用于家具和雕刻。

3. 生长环境与分布：黑骨茶主要分布于印度尼西亚等地，其生长环境偏好于热带地区的丘陵、山地。而小叶紫檀主要分布于印度、泰国、越南、菲律宾等地，喜好温暖湿润的环境。

4. 文化与象征意义：在中国传统文化中，小叶紫檀常被赋予吉祥、富贵的象征意义，被视为一种具有灵性的木材。而黑骨茶虽然也受到部分文玩爱好者的追捧，但在文化象征意义上并没有小叶紫檀那么深远。

综上所述，黑骨茶和小叶紫檀在来源与命名、外观与用途、生长环境与分布以及文化与象征意义等方面都存在着明显的差异。