1、房产证是证明房屋所有权归属的法定文件，但不是惟一证据。当事人之间可以通过签订协议的方式约定房屋产权的归属。我赞成你的关于签订协议的方式，但这并不是必须公证的，只要协议是各方当事人的真实意思且不违法，就可以了。

2、至于你所说的模板问题，因为涉及到具体的问题，而且是涉及较大利益的具体问题，所以建议你当面咨询律师并委托律师代书。模板，是不可能有放之四海而皆准的。另外，签什么类型的协议，也是必须考虑的，因为还要考虑到该房屋毕竟是因拆迁而来。