自来水公司归水利部门管理。

自来水公司的管理归属于水利部门，具体的管理归属根据投资建设情况而定。如果投资主要来自国家，则由国资委管理，并一般归属于市政管理部门；若投资主要由地方政府提供，则归地方政府管理。在农村地区，自来水通常由县（区）、乡（镇）政府负责管理。此外，村里的自来水也归县（区）、乡（镇）政府管理，而农村自来水实际上是由城市供水企业生产，由市水利局下属的“农村饮用水办公室”负责管理。

自来水公司的管理体系：

1、组织结构：自来水公司通常设有董事会、监事会和管理层，负责公司的战略规划和日常运营；

2、业务部门：包括生产部门、供水部门、客户服务部门、财务部门等，各司其职，确保供水服务的正常进行；

3、监管机构：自来水公司可能受到城市公用事业管理部门或水务局等政府机构的监管，需遵守相关法律法规；

4、服务网络：建立起供水网络和服务体系，包括水源管理、水质监测、管网维护和客户服务等；

5、安全保障：制定应急预案，确保供水安全和应对突发事件的能力。

综上所述，自来水公司的管理归属于水利部门，具体归属根据投资建设情况而定，投资主要来自国家则由国资委管理，投资主要由地方政府提供则归地方政府管理，农村地区的自来水由县（区）、乡（镇）政府负责管理，而农村自来水实际上是由城市供水企业生产，由市水利局下属的“农村饮用水办公室”负责管理。

【法律依据】：

《城市供水条例》

第七条

国务院城市建设行政主管部门主管全国城市供水工作。省、自治区人民政府城市建设行政主管部门主管本行政区域内的城市供水工作。县级以上城市人民政府确定的城市供水行政主管部门（以下简称城市供水行政主管部门）主管本行政区域内的城市供水工作。