雨花石保存的最佳方法是将其放入水中，并保持适当的湿度和中性环境。

雨花石作为一种天然玛瑙石，主要成分为二氧化硅，其质地虽坚稳，但仍需妥善保存以维护其美观与完整。将雨花石放入水中，可以有效防止其因干燥而开裂，特别是对于含有水分子的雨花石种类，如抛光石和蛋白石，保持湿度尤为重要。同时，水还能渗入石头的裂缝，使雨花石看起来更加滋润、美丽。但需注意，应定期更换水，避免形成死水，死水中可能存留的污垢会渗入石头裂纹，影响其美观甚至造成损害。

此外，雨花石的保存环境应保持中性，避免酸碱物质的侵蚀。雨花石的主要化学成分是二氧化硅，它在自然界所处的地质环境也基本属于中性。因此，保管环境若偏酸或偏碱，酸碱中的离子会与雨花石中的色素离子发生化学反应，导致雨花石变质、腐蚀或变色。在展览或日常保存时，最好使用蒸馏水或烧开后的冷却水，以确保水质中性。若条件允许，可使用pH试纸测试水的酸碱度，并相应调整至中性。

另外，雨花石还需避免高温和强光曝晒。加热或在强光下长时间曝晒会改变色素离子的性质，导致雨花石变质。因此，在保存时应将雨花石放置在远离热源和阳光直射的地方。

最后，取放雨花石时需小心谨慎，避免机械性碰撞。雨花石在外力作用下容易开裂破损，因此在处理时应轻拿轻放，确保安全。同时，对于不同种类的雨花石，可根据其特性选择合适的保存方法，如使用塑料密封袋、盒子等容器进行保存，并在容器内填充原生态的黄沙、红泥等物质以模拟其自然生长环境。