工程规费是由施工企业承担。根据2024年工程量清单计价规范规定，规费是国家法律和省级政府规定的，必须由施工企业缴纳的费用。这些费用构成建筑安装工程的总造价。规费主要包括工程排污费、社会保障费（包括养老、失业、医疗、生育和工伤保险）和住房公积金。此外，其他应列而未列入的规费，应依据省级政府或其相关有权部门的规定来确定。既然规费是法定必须缴纳的费用，且属于建设工程成本的一部分，那么在合法承包的条件下，缴纳规费的权利和义务应由工程承包单位承担。如果工程承包单位未依法缴纳规费，有权部门有权追缴。因此，依据规定，工程规费应由施工企业负责缴纳。