动迁协议丢了补办流程如下：

1、拆迁协议遗失在拆迁补偿部门可以补办；

2、拆迁补偿协议书一般都有两份，拆迁人那里有存档，可以到拆迁人处复印一份，加盖其公章同样具有合法效力；

3、拆迁人不是指个人，而是负责拆迁与被拆迁人签订拆迁补偿协议的那个单位。

去拆迁部门补办拆迁安置协议的时候，需要提供以下的资料：

1、补发申请证明书；

2、登报声明、具结书；

3、单位提供营业执照、个人提供身份证明；

4、登记机关认为必要的其他文件。

综上所述，拆迁补偿协议书丢失了，可以找当时拆迁签署协议的单位、或村委会、社区，查找原件进行复印即可。

【法律依据】：

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条

房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。