农村办理房产登记证的部门。

1、乡镇上有乡镇建设办公室，专门负责宅基地的使用及房屋建造情况，核实后，签字盖章。

2、县级规划部门，负责审核。审核后，由乡镇一级的主管部门发证。

法律依据：《房屋登记办法》第九条 房屋登记机构应当依照法律、法规和本办法规定，确定申请房屋登记需要提交的材料，并将申请登记材料目录公示。