出纳发放工资时扣除的社保和个税，应分别上交到社保经办部门和税务部门。

1、社保方面。根据《社会保险法》第九十条的规定，社会保险费实行统一征收。因此，企业应按照当地社保政策，根据出纳发放工资情况，确定应代扣代缴的社保金额，在发放工资单中记录，然后将相应社保代扣金额从企业总账处取出，划转至相应社保计划账户，凭借完善的票据，将社保代扣金额上交至社保经办部门。

2、个税方面。根据《中华人民共和国个人所得税法》第十条的规定，扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。因此，企业应按照国家规定，代扣代缴个人所得税，将代扣个税金额交给税务部门。