楼顶违建拆除的方法如下：

楼顶违建应当依法经过立案、调查、决定、送达、组织实施等程序进行拆除。

具体来说，首先，有关机构会对违章建筑进行立案调查，这是整个拆除程序的基础，确保拆除行为有明确的法律依据。在调查过程中，执法人员会进行现场勘验，询问相关情况，并收集必要的证据。

接下来，会进行听证程序，通知被拆除人参加听证会，听取其陈述和申辩。听证程序是保障被拆除人合法权益的重要环节，确保拆除决定的公正性和合理性。

听证通过后，相关部门会作出拆除决定，并向被拆除人送达行政处罚决定书。被拆除人需要在法定期限内自行拆除违章建筑，逾期不拆除的，相关部门将依法组织强制拆除。

在组织实施拆除过程中，行政机关需要遵守法定程序，确保拆除行为合法、安全、有序。同时，应当尽量减少对被拆除人和其他业主的影响，遵守最小损失原则。

值得注意的是，违章建筑的拆除必须严格按照法律规定进行，任何个人或单位都不得私自拆除。如果发现楼顶存在违建情况，可以向当地的城市管理部门或规划局进行举报投诉。相关部门会依法进行调查处理，并采取相应的拆除措施。

此外，在处理楼顶违建问题时，还需要注意区分违章建筑和建筑范围内的土地使用权以及建筑内的合法财产。在拆除过程中，不得侵犯被拆除人的合法权益，确保拆除行为的合法性和合理性。