个人认为是2次。你当初申请的是商业贷款，然后用公积金月充还贷，这和申请公积金贷款是有本质区别的。在我所在的城市，用公积金以月充形式还商贷，是不认定有公积金贷款记录的。

不过这只是我个人理解，不同城市的公积金贷款政策可能不同。建议你问一下当地的公积金管理中心，或者找一家有公积金贷款业务的商业银行咨询一下也行。