深圳楼顶别墅的违建问题一直备受关注。楼顶别墅是指在楼房的顶层搭建的房屋，通常增加了房屋的使用面积。然而，根据深圳市的建筑规划，楼顶别墅属于违建。

首先，深圳市规定了建筑的高度限制。根据《深圳市市区总体规划（2010-2020年）》的要求，居住楼的屋顶高度一般不得搭建建筑物或设施，且不得设置屋顶露台、阳台等。楼顶别墅的建设通常超过了规定的建筑高度限制，因此违反了市区总体规划的规定。

其次，楼顶别墅的建设往往涉及到土地使用权问题。在深圳，土地使用权是严格控制的资源，分配给特定的项目和单位使用。一般情况下，楼房的屋顶是未被分配的土地，只能作为公共用途或景观绿化用途。如果在楼顶搭建别墅，就相当于占用了未分配的土地使用权，违反了土地使用权的分配原则。

此外，楼顶别墅的建设往往涉及到结构安全问题。楼房的设计和结构是按照一定的标准和规范进行的，而楼顶别墅的建设通常需要对原有结构进行改动和增加负荷。这样容易导致整栋楼房的结构和安全问题，可能会对居住在下层的居民造成安全隐患。

综上所述，深圳楼顶别墅是违法违建的，因为它违反了建筑高度限制、土地使用权规定和结构安全规范。针对此问题，相关部门应该加强执法力度，严查违建行为，保障城市规划的合理性和市民居住的安全。此外，也需要引导开发商和业主遵守规章制度，合法合规地进行房屋建设，营造和谐的社会环境。