板蓝根种子的采收和方法分为春播留种和秋播留种两种。春播留种在收割最后一次叶片后，保留根部，待新叶长出后自然越冬。秋播留种则在8月末至9月初播种，出苗后不收叶，任其自然越冬。两种方法均在翌年5至6月份收获种子。此外，选择田间地头的瘦土地播种，株行距密度为30厘米×60厘米，能促进茎秆坚硬，减少倒伏和病虫害，结出饱满的种子。在某些产区，会在挖收板蓝根后，选取无病的优质种根进行移栽留种，也能获得优良种子。

收获时间通常在5月下旬至6月上旬，当角果果皮变黄时。选择晴天割下茎秆，运送至家中晾晒。待果实完全干燥后进行脱粒，去除杂质，装袋并存放在阴凉、干燥、通风的室内备用。另一种方法是只割取果穗，运送回家晾晒，待果实干燥后脱粒，清除杂质，装袋后备用。