皇姑叛乱指的是白莲教起义。白莲教的女性首领称为“皇姑”，因而民间也叫“皇姑叛乱。”

　　嘉庆五年三月以前，起义军处于发展、壮大阶段。起义军因得到各地人民的支持，所到之处，“有屋舍以栖止，有衣食、火药以接济，有骡马刍草以夺骑更换”，且有各地教徒“为之向导负运”，多次重创清军，嘉庆五年四月四川江油马蹄冈战役以后，起义始转入低潮。人数从十几万减至几万人，许多重要将领相继牺牲。清政府的“坚壁清野”与“寨堡团练”之策，已逐渐推广并发挥作用。通过筑寨堡、并村落，令百姓移居其中，将民间粮秣给养充实其内，又训练丁壮，进行防守，从而切断了起义军同人民间的联系，使之无法得到粮草与兵源的补充，力量日渐枯竭。

　　嘉庆六年下半年，起义军活动基本上只限于川楚陕边境地区，转战在万山老林之中，人数已不超过两万四千，而围剿的清军，则十倍于此。起义军在极端艰苦的条件下，坚持战斗，至九年九月，起义终告失败。