总状花序，腋生或顶生，花梗较短，长5～8mm，每一花梗着生2～8朵花。菜豆花为蝶形花，长10～15mm，苞片卵形，具隆起的脉，龙骨瓣伸长成一尖喙，并呈卷曲状；翼瓣倒生对称；旗瓣较大，花色有白、乳黄、浅红、紫色。二体雄蕊（9+1），上位子房，无子房柄，内含多个胚珠。花柱卷曲，柱头顶生，密生茸毛。

通常情况下，菜豆自花授粉，自然异交率小于1%，从现蕾到开花约需5d时间，一般早上2时开始开花，5～10时为开花盛时，之后少有花开放。开花顺序由下而上，每朵花开放1～2d，通常开花前数小时已授粉，授粉后4h受精率达80%左右，结荚率20%～40%。在繁殖更新过程中，群体不能少于50株，但不需要隔离。