南通市住房保障和房产管理局根据其职能，设有多个内设机构，具体如下：

1. 办公室: 协助领导管理机关政务、事务协调，负责会议组织、文件起草与审核，处理文电、机要、档案等工作，包括信息管理、保密、安全、信访、政务公开等，以及处理人大、政协的建议和提案，并负责重大事项的督办。

2. 组织人事教育处: 负责系统内的党建工作、人事管理，包括机构编制、干部培训、职称评聘、出国政审、劳动工资、老干部服务和人事档案管理等。还负责职工培训、评优评奖以及宣传报道，指导事业单位改革工作。

3. 财务审计处: 监督管理住房基金，组织住房保障资金管理，编制经费预算，负责统计分析，监督下属单位的会计核算和财务管理，同时监管行政事业性收费，并进行内部审计。

4. 政策法规处: 执行并监督住房保障和房产管理法规，组织调研论证政策，负责法制审核，进行法律宣传教育，处理行政复议和诉讼，检查执行情况，查处违法违规案件。

5. 住房保障处: 研究住房保障和改革政策，核准房改事项，编制住房保障发展规划，负责保障性住房资格准入、分配和管理工作，以及住房保障工作的协调和考核。

6. 政策性住房建设管理处: 负责政策性住房建设规划，监督拆迁安置房政策实施，负责拆迁安置房管理、用地论证等工作，参与经济适用房等建设管理。

7. 房屋拆迁管理处: 制定房屋拆迁管理办法，监督全市拆迁工作，负责资质审核、评估机构管理、拆迁许可和补偿安置等，处理拆迁相关信访工作。

8. 房产管理处: 研究起草房产法规，监管房地产市场，负责产权管理、预售许可、交易管理，指导中介机构，监管直管公房，进行市场监测和信息发布。

9. 物业管理处: 制定物业管理政策，管理物业企业资质，监督维修资金，负责前期物业管理监管，推进物业管理工作检查考核。

10. 房屋安全管理处: 组织室内装饰装修管理，负责白蚁防治、房屋安全鉴定和直管公房维修监管，推广新技术新材料，负责建筑工程质量和安全生产指导。

此外，还设有机关党委、工会、共青团和人民武装组织。