水木清华是清华园内最具吸引力的景点，位于工字厅后门外。四季变换的林山环绕着一片秀水，山林之间藏着两座典雅古亭，亭上题有“水木清华”四字，庄美挺秀。这四个字出自晋人谢混的诗句：“惠风荡繁囿，白云屯曾阿，寒裳顺兰止，水木湛清华。”朱柱上悬挂的是清道光进士殷兆镛撰书的对联，描述了四季山光变幻和云影淡荡的仙居景象。

水木清华BBS，是清华大学的官方论坛，也是中国教育网的首个BBS，创建于1995年8月8日。它曾是中国最具人气的高校论坛之一，承载了中国高校网络社群文化的精髓。但在2005年3月16日转型为校内论坛后，访问量大幅减少，影响力大不如前。然而，随后新开的水木社区BBS在继承水木清华的基础上再度崛起，成为中国最大的BBS之一。

清华大学之所以以“清华”命名，是因为它坐落于原清代皇家园地——清华园。园名即为大学名。

“清华园”之名是清代咸丰皇帝赐予的。原址是康熙年间修建的熙春园的一部分。道光年间，熙春园被分为东西两部分，西边为迎春园，东边仍名为熙春园。咸丰皇帝登基后，将东边的熙春园改名为华园。

工字厅后方的匾额上刻有“水木清华”四字，两侧对联描述了山光云影的变幻和仙居之景。这四个字源于晋代谢叔源的《游西池》诗句：“景昃鸣禽集，水木湛清华。”“湛”意为澄清，厅后有水池，因此取用了这句诗题匾。

1910年，在清华园内用庚子赔款建造了“清华学堂”，于1911年正式开学，这就是清华大学的前身。