马桶有存水的原因是为了防止异味和细菌滋生。

详细解释如下：

一、防止异味扩散

马桶内设置的存水区域被称为水封。水封的主要作用是形成一个隔离层，当污水被冲入马桶后，水封可以阻挡污气的散发，从而避免异味扩散到室内空气中。这样的设计提高了卫生环境的舒适度。

二、抑制细菌滋生

存水区域的水可以覆盖马桶下水口，减少污物与空气的接触面积，从而降低了细菌滋生的机会。水的存在形成了一个相对湿润的环境，这种环境不利于某些细菌的生长繁殖，有助于保持卫生环境的健康。

三、平衡气压

马桶下水管道中的气压可能会因为各种原因产生波动，而存水可以起到一定的缓冲作用，平衡管道内外的气压，减少因气压变化导致的马桶使用问题。

四、防止污水逆流

在某些特殊情况下，如管道内部产生负压，存水能够阻止污水逆流进入卫生间，确保整个排水系统的正常运行。

综上所述，马桶设计有存水区域是为了在保障舒适使用的同时，更注重卫生和健康方面的需求。通过存水的设计，可以有效防止异味扩散、抑制细菌滋生、平衡气压以及防止污水逆流等问题。