协议出让与招拍挂出让是国有土地使用权出让的两种主要方式，各自有着不同的特点与适用范围。协议出让是指政府与土地使用者通过协商签订出让合同，确定土地使用权出让的价格与期限，主要适用于工业用地、仓储用地以及政府为调整经济结构、实施产业政策需要给予优惠、扶持的项目等。协议出让具有灵活性，但缺点在于缺乏充分竞争，可能滋生腐败。为了规范土地市场秩序，2003年6月11日，国土资源部发布了《协议出让国有土地使用权规定》，进一步明确了协议出让的适用范围、程序以及价格确定原则。

协议出让与招拍挂出让的主要区别包括适用范围、土地使用权出让金形成方式以及最低价确定原则。招拍挂出让适用范围更广，包括商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地，以及前款规定以外用途的土地的供地计划公布后，同一宗地有两个以上意向用地者的场合。协议出让的适用范围相对有限，主要是工业用地、仓储用地及政府为特定政策需求而需要给予优惠、扶持的项目。

在土地使用权出让金形成方式上，协议出让采取政府与土地使用者协商的方式确定价格，而招拍挂出让则是通过竞价的方式形成价格，具有更高的公开、透明度。最低价确定原则上，协议出让的最低价不得低于新增建设用地的土地有偿使用费、征地（拆迁）补偿费用以及按照国家规定应当缴纳的有关费用之和，并且不得低于基准地价的70%。招拍挂出让的标底或底价则根据土地估价结果和政府产业政策综合确定。

协议出让与招拍挂出让互相补充，共同构建了较为完善的有偿使用方式。随着土地使用制度改革的深入与土地市场的完善，政府会越来越多地采取主动供地的方式。从长远角度来看，协议方式可能逐渐减少。当前，挂牌出让方式已经在一定程度上具备了协议出让的优点，同时最大限度地避免了协议方式供地的不足。

关于协议出让的程序，主要包括编制并公布出让计划、接受意向用地者申请、确定出让方式、编制出让方案、确定出让底价、协议出让价格并签订出让合同、公布出让结果等环节。协议出让适用于特定情况，如商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地和工业用地以外用途的土地供地公告公布后只有一个意向用地者的情况；原划拨、承租土地使用权人申请改变用地性质、改变规划条件等情况；划拨土地使用权转让申请改变用途的情况；以及法律、法规、行政规定明确可以协议出让的其他情形。