百合蒴果矩圆形，长5厘米，直径3厘米，有棱，熟时室背开裂。种子多数，长圆形，围以角形翅，翅膜质，棕褐色，密布细致网纹，种子长1.3厘米，宽0.8厘米，厚0.35毫米。胚乳软骨质，胚细小，子叶1枚，线形，胚根短小。千粒重6.2克。

据陈瑛试验，室温下贮藏1年，发芽率为4.5%；贮藏2年已无发芽力。

百合果熟采收后稍加晾干，脱粒，然后筛簸去除瘪粒和小粒种子，剩余大而整齐健壮种子即可进行育苗。