云南省内有许多行业领先的工厂，具体评价需结合行业及产品特性。烟草、冶金、化工、医药、食品等产业中，部分工厂在行业内声名显赫。以下列举部分知名工厂：

1. 红云红河烟草（集团）有限责任公司，昆明基地，中国烟草巨头之一，旗下品牌如云烟、红河等。

2. 云南冶金集团股份有限公司，昆明，主营钢铁、铝、铅、锌等产品生产与销售，是我国冶金行业领军企业。

3. 云南云天化股份有限公司，昆明，化肥、化工原料生产销售，国内化肥行业龙头。

4. 云南白药集团股份有限公司，昆明，医药研发、生产和销售，拥有云南白药等知名品牌。

5. 云南沃森生物技术股份有限公司，昆明，生物制品研发、生产和销售，疫苗行业佼佼者。

6. 云南咖啡产业股份有限公司，普洱，中国咖啡产业重要一员，产品远销国际。

以上工厂在各自领域市场占有率高，产品质量优，但是否为“最好”还需根据个人需求及评价指标进行判断。