在生物的分类系统中，二歧根莲花根被归属到以下几个层次：

首先，从最宏观的角度来看，它属于真核生物域的范畴，这个域被称为Eukarya。接着，它隶属于植物界，即Plantae。在被子植物门，即Angiospermae，它是植物界的一个重要分支。

在更具体的木兰纲分类中，二歧根莲花根属于 Magnoliopsida，这是Cronquist系统下的一个分类。进一步深入，它被归入到木兰亚纲Magnoliidae，这也是Cronquist系统中的分类单位。

在毛茛目（Ranunculales）中，二歧根莲花根属于毛茛科（Ranunculaceae），这是植物分类学中的一个重要科。在科的层次下，它属于毛茛亚科SubFam. Ranunculoideae，这个亚科是Ranunculaceae科的细分。

在银莲花族（Trib. Anemoneae）中，二歧根莲花根被归为Anemone属，这是银莲花族的一个属。更为精确地，它属于草玉梅组（Anemone Sect. Rivularidium），这是Anemone属下的一个组。

最后，我们来到具体的物种层次，草玉梅（Anemone rivularis）就是二歧根莲花根的名称，它在草玉梅组中占据一席之地。