购买商品房申请购房契税补贴，首先要确保已清缴房款（包括按揭贷款）并完成契税缴纳。对于新建商品房，购房人需在支付完所有款项后，办理契税缴纳手续，再申请契税补贴。

在购买二手房时，同样需要缴纳契税，且在完成产权转移登记后，购房人方可申请契税补贴。

值得注意的是，契税补贴的申请需由商品房买卖合同中所有购房人共同提出。如购房人为未成年人，应由其法定监护人代理申请。