两者的区别在于繁殖方式不同、品种和品质不同、生态适应性不同。

1、繁殖方式不同：实生树苗是通过种子繁殖；原生树苗则是通过无性繁殖或人工繁殖得到。

2、品种和品质不同：实生树苗品种多，品质不稳定，生长周期长，以利用果实为主的经济林树种，幼年期较长，结果晚；原生树苗品种相对统一，品质稳定，生长周期相对较短，可以继承母本的优良特性，具有较高的适应性和生存率。

3、生态适应性不同：实生树苗具有根系发达、生活力强盛、可塑性大、寿命长等特点，生态适应性强，能适应不同的环境；原生树苗则需要在人工选择环境下生长，对环境适应性相对较弱。