水利工程管理的主要工作内容包括多个方面。首先，开展水利工程的检查观测，确保工程设施的安全稳定运行。其次，组织进行水利工程的养护修理，及时修复可能存在的问题，延长工程使用寿命。再次，运用工程进行水利调度，合理分配水资源，满足农业灌溉、城市供水等需求。此外，更新工程设备，适当进行技术改造，以提升工程效率和管理水平。

在工作方法上，首先需要制订并贯彻有关水利工程管理的行政法规，确保管理工作有法可依。其次，制定、修订和执行技术管理规范、规程，如工程检查观测规范、工程养护修理规范、水利调度规程、闸门启闭操作规程等，以指导具体操作。同时，建立、健全各项工作制度，如计划管理制度、技术管理制度、经济管理制度、财务器材管理制度和安全保卫制度等，为管理工作提供制度保障。

水利工程管理是一个系统工程，需要综合运用法律、技术、管理和经济等多方面的知识和技能。通过科学有效的管理，可以保障水利工程的正常运行，充分发挥其经济效益和社会效益，为经济社会发展提供坚实的基础。