农村拆迁的危房是指存在严重质量问题、危害人身安全的住房，通常需要进行拆除和改造。为了确保农民的合法权益，政府需要发放危房改造证明，具体办证程序如下：

1. 申请材料准备：申请人需要准备身份证、户口本、土地证、建房合法证明、房屋安全鉴定报告等相关材料。

2. 前期调查：政府相关部门会对申请人所住房屋的情况进行调查，包括房屋的面积、结构、使用年限、安全隐患等。

3. 安全鉴定：政府相关部门会组织专业人员对危房进行安全鉴定，评估房屋的安全风险程度，给出鉴定结论。

4. 缴费：申请人需要按照相关政策规定缴纳改造费用，通常政府会提供一定的补贴和贷款支持。

5. 改造计划编制和审批：政府会组织编制危房改造的技术方案，并进行审查和批准。

6. 改造施工：确定改造方案后，政府会组织相关的施工队对危房进行改造和整修，确保房屋的安全性和使用性。

7. 办理证明：改造完成后，申请人需要准备改造合格证明、竣工验收报告等材料，向相关政府部门办理改造证明，证明该房屋已经从危房改造为合格住房。

8. 相关政策补贴：政府会按照相关政策规定，给予改造完成的农民一定的经济补贴和奖励。

需要注意的是，不同地区的程序和政策可能存在差异，具体操作以当地政府的相关规定为准。同时，农村拆迁的危房改造也需要积极与政府相关部门沟通，了解政策和办证流程，并及时配合完成相关材料和手续的办理。