乡镇房产证的管理涉及各部门协调合作。

通常情况下，房管部门会负责处理房屋产权的登记工作，该职责也可能由住建或自然资源局等其他部门执行。

实际的主管部门及办理流程将取决于当地政府机构设置和职能分工。

在办理相关事务之前，请务必先向当地乡镇政府进行咨询，明确负责部门和详细流程，以便确保顺利完成房产证相关手续。