工程设计费的计算方式是根据一系列公式和调整系数来确定的。首先，需要明确的是，工程设计收费的基准价是由基本设计收费和其他设计收费相加得出的。基本设计收费则是依据工程设计收费基价，结合专业调整系数、工程复杂程度调整系数以及附加调整系数来计算。

具体步骤如下：第一步，首先确定工程设计收费基价，可以通过附表一中的内插法来查找。然后，根据项目特点确定专业调整系数，如果项目属于电气或装饰工程，则按照建筑专业的系数1.0计算，如果附表中没有列出的项目，可以参照相近工程并由发包人和承包人协商确定。接着，根据工程的复杂程度确定调整系数，表7.3.1中提供了Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ级的调整系数，分别为0.85、1.0和1.15，未列出的项目同样需要协商确定。最后，对于一些特殊的项目，如古建筑、智能建筑弱电系统设计或室内装修设计，根据具体情况设定不同的附加调整系数，范围从1.3到1.6不等。

第二步，计算其他设计收费，这是指在设计过程中提供协调服务等额外服务发生的费用，如果没有委托设计人提供这些服务，则无需计算此项费用。

第三步，根据公式1计算总设计收费，其中浮动幅度值由发包人与设计人协商确定，一般在±20%的范围内，对于采用新技术的项目，最高可提高至25%。

另外，施工图预算编制费和竣工图编制费分别按基本设计收费的10%和8%计算。这些费用的收取应满足技术标准规定的深度和质量要求，以确保工程顺利进行。

需要注意的是，施工图预算和竣工图文件的编制需要达到相应技术标准的要求，如果实际编制的文件未达到标准，或施工过程中设计变更较少，应根据实际情况与发包人协商确定编制费用。