中华人民共和国城乡规划法对违章建筑的拆除程序进行了明确的规定。首先，建设单位或个人在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设时，必须向相关部门申请办理建设工程规划许可证。

若未取得或未按照建设工程规划许可证的规定进行建设，将受到县级以上地方人民政府城乡规划主管部门的处罚。处罚包括责令停止建设、限期改正、罚款或强制拆除。如果可以采取改正措施消除对规划实施的影响，将处以建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。如果无法消除影响，则须限期拆除，不能拆除的，没收实物或违法收入，并处以建设工程造价百分之十以下的罚款。

城乡规划主管部门作出决定后，当事人如不停止建设或逾期不拆除，相关部门可以采取查封施工现场、强制拆除等措施。这些措施是为了确保规划的实施，维护城市和镇的合理布局。

对于确实认定为违章建筑的，有两种主要的处理方式：一是当事人可以申请人民法院强制执行；二是由县级以上人民政府责成有关部门进行强制拆除。在处理违章建筑的过程中，关键在于依据法律法规明确程序，确保公正、透明地执行相关决定。