计算土地增值税的方式如下：

一、确定计税依据

土地增值税的计税依据是土地使用权及其附着物的增值额。在确定增值额时，需要考虑到转让土地及其附着物的收入额以及允许扣除的项目金额。

二、计算增值额

增值额的计算方式为：转让收入额减去扣除项目金额。其中，转让收入额指的是土地及附着物的销售总额，扣除项目金额则包括土地购买成本、开发成本、相关税费等。

三、确定税率并计算税额

根据增值额的大小，确定相应的税率。在我国，土地增值税实行超率累进税率，即增值额越大，税率越高。最后，将增值额乘以对应的税率，即可得出应缴纳的土地增值税额。

四、具体计算公式

土地增值税的计算公式为：应纳土地增值税 = 增值额 × 税率。在实际操作中，还需要根据政策调整和具体项目情况，对公式中的各项参数进行具体界定和核算。

总结来说，计算土地增值税需要首先明确计税依据和增值额，然后根据税率计算税额。在实际操作过程中，还需要注意各项参数的准确性和政策调整的影响。