工程审计收费标准规定了多个方面，旨在确保审计服务的公正性与合理性。

首先，审计费用的计算基础为建设单位送审总造价的0.1%至0.3%，并根据审计机构审减金额的4%至9%追加收取。此费用在工程投资中独立列支，且若审计结果导致核减比例超过特定阈值，超过部分的审计费用可能由施工单位承担。

其次，审计收费的计算方式通常包含两部分：基本费用与追加费用。基本费用一般占送审总造价的0.1%至0.3%，追加费用则基于审减金额的4%至9%。审计服务费用由建设单位支付，独立于工程投资成本。

在结算审计的执行时间上，根据工程总造价不同，审计服务时间也有所差异：500万元以下工程，从接到竣工结算报告和完整资料之日起20天完成；500万元至2000万元的工程，需30天内完成；2000万元至5000万元的工程，则需45天；而5000万元以上的工程，从接到资料之日起60天内完成。

对于建设项目竣工总结算，需在最后一个单项工程竣工结算审查确认后的15天内汇总，最终审查应在30天内完成。