目的和功能不同、重点业务不同。

1、目的和功能不同：农村住房信息系统旨在记录和管理农村的住房信息，包括农户的房屋状况、建筑结构、土地权属等信息。而农村危房改造信息系统则是为了管理危险或不安全的农村住房情况，记录危房的位置、状况和改造进度等信息。

2、重点业务不同：农村住房信息系统注重整体的房屋信息管理，包括正常住房和非正常住房的信息。农村危房改造信息系统则更专注于危房改造的管理，包括列入危房名录、改造计划、资金使用等信息。