根据提供的信息，我们可以确认的是，《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》自2004年4月1日起开始实施，并在当时取代了原城乡建设环境保护部在1986年4月30日发布的《建筑安装工程总分包实施办法》。然而，关于该办法是否已经废止的问题，目前并未提及新的明确规定来替代它。这意味着，虽然原有的办法可能不再有效，但官方并未发布明确的通知宣布其正式废止，因此其具体状态仍需等待官方的最新通知或者相关法律法规的更新。

在当前法律体系中，如果《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》没有被新的文件正式取代，那么它可能仍然在某种程度上指导着施工分包的管理，但可能存在一些过渡期的模糊性。建议查阅最新的官方公告或者咨询相关专业机构以获取最准确的信息，因为法律文件的废止通常会伴随着新的法规出台，以确保行业的连续性和稳定性。