地基与基础分部工程质量验收记录综合验收结论是由总监理工程师填写的。分部工程质量验收程序是，施工单位自检合格后，报总监理工程师进行验收，总监理工程师组织施工单位项目负责人和项目技术负责人进行验收，验收合格后，应由总监理工程师进行填写结论意见。