副部级。敦煌研究院是国家文物局第三批新增的34家国家一级博物馆的其中之一，敦煌研究院党委书记级别一般是副部级，敦煌研究院的第一任院长是常书鸿。敦煌研究院是负责世界文化遗产敦煌莫高窟、天水麦积山石窟、永靖炳灵寺石窟等是全国重点文物保护单位。