二套房契税按照3%的税率计算，在签订土地、房屋权属转移合同的当天或者取得其他具有土地、房屋权属转移合同性质凭证的当天向契税征收机关进行契税的缴纳。

【法律依据】

《契税暂行条例》第三条

契税税率为3—5％。

契税的适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的幅度内按照本地区的实际情况确定，并报财政部和国家税务总局备案。

第八条

契税的纳税义务发生时间，为纳税人签订土地、房屋权属转移合同的当天，或者纳税人取得其他具有土地、房屋权属转移合同性质凭证的当天。

第九条

纳税人应当自纳税义务发生之日起10日内，向土地、房屋所在地的契税征收机关办理纳税申报，并在契税征收机关核定的期限内缴纳税款。