深圳国际货运港口主要有：盐田、蛇口、赤湾、大铲湾等。

盐田港区（东部的盐田区）——是一个深水无沙良港，是华南地区超大型船舶首选港。定位于国际枢纽港口，主要以欧美航线为主。

蛇口港区（西部的南山区）——深圳市重要的水、陆客货运输枢纽和设备齐全、综合性、多功能的对外开放口岸，定位于近海枢纽港，以亚洲近洋航线为主。

赤湾港区（西部的南山区）——赤湾港区是条件优越的石油服务基地和重要的深水港。港区西半部是商业码头区，东半部为石油后勤供应基地。主要经营集装箱、散杂货、油气品等。

大铲湾港区——大铲湾码头是深圳西部港区内的全新世界级集装箱码头，是集散泛珠三角各主要生产基地货物的理想站点。

妈湾港区（西部的南山区）——该港区内主要经营散杂货、液体化工产品、油品和煤炭等。

东角头港区（西部的南山区）——主要经营散杂货、油气品。

福永港区（深圳机场福永码头）——该港区靠近深圳宝安国际机场，主要经营客运、散杂货和航空燃料等。