契税税率3%的计算方法如下：

契税税率3%的计算方法是将房产的计税依据乘以3%的税率得出。计税依据通常是房产的交易价格或者政府评估价。对于新房来说，应纳税额＝计税依据乘以3%；而对于二手房，应纳税额＝二手房税率乘以房地产评估价。此税率适用于面积在144平方米以上的住房（包含144平方米），以及被定义为非普通住宅的房产。如果房产单价超过了地方政府规定的非普通住宅的界限，无论面积大小，同样适用3%的契税税率。

契税的计算基础：

1、房屋交易价格：以房屋买卖合同约定的交易价格为基础；

2、房屋评估价值：当交易价格明显偏离市场价值时，可能以评估价值为计税依据；

3、最低计税价格：部分地区规定了房屋交易的最低计税价格，以防止低报交易价格逃税；

4、免税额度和优惠政策：某些情况下，如首次购房，可能享有一定的免税额度或优惠政策。

综上所述，契税税率3%的计算方法涉及将房产的计税依据（交易价格或政府评估价）乘以税率，适用于面积超过或等于144平方米的住房及非普通住宅，且对于超出地方政府界定的非普通住宅单价标准的房产，不论面积大小，均按此税率征收。

【法律依据】：

《中华人民共和国契税法》

第三条

契税税率为百分之三至百分之五。

契税的具体适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的税率幅度内提出，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案。

省、自治区、直辖市可以依照前款规定的程序对不同主体、不同地区、不同类型的住房的权属转移确定差别税率。