申请办理集体土地使用权证遵循以下流程：

首先向所属村委会提交书面申请及相应的申请表格；接着，由该村委会负责人对申请材料进行审阅并在确认无误后签署意见并加盖公章将其上交给当地乡镇政府进行深入审核；乡镇政府在收到相关资料后，将会组织人员前往实地进行勘查，并在评估结果符合申请条件的情况下向上一级县国土资源局提交流程；县国土资源局在接到申请材料之后，会内部按程序进行严格的核实与审查，确认情况真实后再派遣工作人员到实地进行更为细致的勘察；

最后，经过以上环节的评估和审查，若各项条件均符合规定，则会把申请材料再次上报至县人民政府进行最终的审批；经过为期七天的公布公示且无任何异议者，才会予以发放土地使用证。