集体土地使用权证的办理流程如下：首先，向所在地的村委会递交书面申请，并填写申请表。接着，村委会审核申请资料，签署意见并盖章后，将申请资料递交给乡镇政府。乡镇政府根据上报的资料，进行现场勘测，审查合格后，上报至县国土资源局。县国土资源局接收申请后，对资料进行审核，并到现场进行勘测。审查通过后，申请提交给县政府进行审批。最后，审批合格后进行为期7天的张榜公示，无异议后，发放集体土地使用权证。

法律依据是《土地管理法实施条例》第三条，它规定了国家依法实行土地登记发证制度，依法登记的土地所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。同时，土地登记内容和土地权属证书的式样由国务院土地行政主管部门统一规定，并且土地登记资料可以公开查询。此外，《民法典》第二百零九条也明确规定了不动产的设立、变更、转让和消灭，需经过依法登记，方能发生效力。而对于依法属于国家所有的自然资源，其所有权可以不进行登记。