马鞍山市住房公积金管理中心设有多个内设机构，各司其职，保障公积金管理的高效运行。首先，综合科（含信息技术科）负责中心的行政内部管理，包括文件处理、宣教培训、人事党务、档案管理以及管委会日常事务等，同时承担信息技术系统的维护和数据安全工作。

信息技术科主要负责公积金计算机信息系统的管理和维护，确保数据备份、系统运行维护以及对业务终端和办公自动化应用的技术支持，同时管理公积金网站和信息技术设备的采购与技术支持。

业务部则专注于公积金的具体业务操作，包括开户、转账、提取等，协助结息对账，负责贷款申请、审核及发放，以及业务档案的整理归档，与银行和担保机构紧密协调，优化业务大厅的服务效能。

归集管理科负责公积金的归集工作，制定和监督相关政策，审核单位缴存情况，组织年度基数调整，负责单位缴存年检和催缴，同时负责政策培训和宣传，对分中心的归集政策实施监督。

计财科负责公积金的财务管理，编制预算、决算，进行财务报告和业务报表的编制，资金调度及与财政、审计等部门的协调。他们还对分中心的对口业务进行检查和资金监管。

稽核科承担内部审计和风险控制，对公积金业务和财务进行稽核，监控中心运行效率，指导和培训分中心的稽核工作，监督相关部门的公积金业务执行情况。

使用管理科负责公积金的使用管理，包括政策修订、贷款管理、逾期催收及资产保全，对贷款档案质量进行检查，同时监控担保保证金的运行，确保贷款政策的执行和服务质量。