公司缴纳公积金的方式主要包括开立账户、确定比例、代扣代缴及按时汇缴等步骤。

公司需前往当地的住房公积金管理中心开立公积金账户，按照要求提交相关证件和申请材料，如公司营业执照、法人身份证等。这是缴纳公积金的第一步，确保公司具备合法缴纳公积金的资格。

接下来，公司需根据《住房公积金管理条例》及当地规定，确定员工的公积金缴纳比例。这一比例通常是按照员工工资的一定比例进行缴纳，具体比例需遵循当地政策。在确定比例后，公司需在每月工资条中扣除员工的公积金金额，并在规定时间内将这部分金额连同公司应缴部分，一并打入员工的公积金账户中。

为确保缴纳的合规性，公司还需按照要求提交缴纳证明和申报材料。这些材料可能包括住房公积金开户登记表、缴存基数表、工资发放名册等，具体以当地公积金管理中心的要求为准。

在缴纳过程中，公司可以通过多种方式进行汇缴，如网上业务系统托收、转账支票、银行汇款或现金等。其中，网上业务系统托收是一种便捷高效的方式，公司只需在系统中设置相关信息，银行便会在选定的托收日自动托收单位当月的汇缴金额。无论采用哪种方式，公司都应确保按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或少缴。

此外，对于新设立的单位，应在设立之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并在登记之日起20日内为职工办理住房公积金账户设立手续。而对于单位合并、分立、撤销、解散或破产等情况，也需在规定时间内办理变更登记或注销登记，并妥善处理职工住房公积金账户的转移或封存手续。

综上所述，公司应严格按照相关规定和要求及时缴纳员工的公积金，确保员工的住房权益得到保障。同时，公司也需定期检查和更新公积金缴纳情况，以符合法律法规的变动和公司业务的发展需求。