1、质不同。付款申请单质：供货单位的书面单据形式。请款单质：请予付款的申请单据。

2、作用不同。付款申请单作用：为了明细的表明付款的各项内容（如日期、部门、申请项目、申请金额、用途、审批人、经办人、部门经理、财务负责人、总经理），之后进行内部审批，然后财务照上面的单来付款。

3、请款单作用。作为单位内部因业务发生向有关领导进行申请的传递凭证，一般应经过单位内部审批流程，部门和分管领导审核，较后由主管领导签字批准，财务以此作为付款的依据。