办理设施农业用地的流程是：1.项目选址；2.至所属乡镇填写备案申请表，由乡镇村社、村建环保部门、国土所、农服中心联合实地踏勘后签字盖章确认用地；3.制作土地勘测定界报告；4.由所属乡镇指导农户填写相关表格签字盖章。用地业主方自行提供身份证、营业执照、土地流转情况复印件等相关资料；5.签订用地协议。