小区电梯门禁卡的合法性主要取决于相关法规和业主大会或业主委员会的决定。

首先，从法律层面来看，国家目前并没有明确的法律法规直接规定小区电梯必须安装门禁卡或禁止安装。因此，在法律法规的框架内，小区电梯门禁卡的安装并不直接构成违法。

然而，物业公司在安装门禁卡系统时，必须遵守《物业管理条例》等相关法律法规，确保不侵犯业主的合法权益。具体来说，如果安装门禁卡系统未经业主大会或业主委员会同意，且未明确写入物业服务合同，则可能构成违约行为。此外，门禁卡系统的安装和维护必须确保安全性和便利性，不得以此为由限制业主正常使用电梯或侵犯业主的其他合法权益。

综上所述，小区电梯门禁卡的合法性取决于其是否符合相关法律法规和业主大会或业主委员会的决定。在遵守这些规定的前提下，门禁卡系统可以作为一种有效的安全管理措施，在小区内得到合理应用。