土地出让金的计算方式较为复杂，依据具体情境有所不同。对于划拨土地使用权的转让，通常需要补办出让手续，并据此计算出让金。具体而言，如果土地有实际成交价，且不低于所在级别基准地价平均标准，则按成交价不低于40%的标准计算出让金；若成交价低于基准地价平均标准，则按标准地价平均标准的40%计算。

对于有争议的情况，土地使用权受让人可以委托有资质的土地估价机构进行评估。根据评估结果的40%计算土地出让金。此外，划拨土地使用权成本价格占土地价格的最高比例不得超过60%。在计算出让金时，必须将成本价格换算成市场土地价格，再按不低于40%的标准计算出让金。

值得注意的是，在划拨土地使用权首次上市交易时，应当补缴土地出让金。依据国务院规定，报有批准权的人民政府审批。准予转让的，应当由受让方办理土地证，若土地是划拨的，还需缴纳土地转让金（当地政府确定的地价的3%）。

在办理划拨土地的过户手续时，需要提交土地和规划部门建房批件等资料。如果土地证书遗失或损毁，土地权利人应及时向原发证机关备案，并申请补发新证。此外，房屋连同土地使用权继承、赠与需提交房照、原土地使用证、公证书或使用权人亲笔签名协议与街道证明等资料。

办理过程中，还需缴纳额外的土地证过户费用，包括契税、印花税、中介代理费、贷款费用等。委托代办还需提供委托人签名盖章的委托书。