南通廉租房的小区包括：

1. 南通市区怡居苑廉租房小区

2. 南通开发区小海街道廉租房小区

3. 南通市港闸区幸福花苑廉租房小区等。

详细解释：

南通市区怡居苑廉租房小区：这是南通市为低收入家庭提供的廉租住房项目之一。小区内建有多个住宅楼，配套设施齐全，居住环境良好。这些廉租房的申请条件通常包括家庭收入、住房面积等方面的限制，以满足困难群众的基本居住需求。

南通开发区小海街道廉租房小区：该小区位于南通开发区，旨在为开发区内的低收入家庭提供负担得起的住房。小区管理规范，居住环境相对优越，对于符合条件的家庭来说是一个很好的选择。

南通市港闸区幸福花苑廉租房小区：幸福花苑是港闸区内的一个大型居住社区，其中包括了廉租房项目。该小区地理位置优越，生活配套设施完善，为低收入家庭提供了一个相对舒适的居住环境。

以上这些小区都是南通市为了保障低收入家庭的基本居住权益而设立的廉租房项目。具体的申请条件和程序可以咨询当地的住房保障部门或者社区服务中心，以便更好地了解如何申请和满足相关条件。南通市在这些小区的管理和维护上付出了很大努力，旨在创造一个宜居的环境，满足困难群众的基本生活需求。