西安农村遗留未办理规划的厂房办理流程：

1、建房户向村委会提出建房申请。

2、村委会审核同意，签字盖章。

3、向乡建办提出申请。

4、乡建办工作人员实地勘察，同意建房。

5、到乡建办领取房屋建设申请表。

6、经乡建办签字同意。

7、乡主管领导签字盖章，核实同意。

8、交县规划建设局审批（县行政服务中心）。

9、建房户领取产权证。

根据以上内容的相关回答可以得出，对于个人企业在农村开的厂房，这个时候需要办理房产证，要到村委会提出建房的请求，然后通过了之后还到乡村建筑办去申请，然后领取建设申请表之后，领导同意了才可以发放产权证。