北湖校区位于山东省济宁市北湖新区荷花路16号。2009年11月8日，举行济宁医学院济宁北湖新校区奠基仪式，新校区坐落在济宁市北湖生态新城西南部，占地面积800亩，规划总建筑面积201660平方米。规划建设济宁医学院新教学区、济宁医学院附属医院分院、职工宿舍。